Mårslet Kommune blev oprettet som et led i den nye administrative inddeling af Danmark sammen med købstadskommunerne, der blev oprettet i 1838. Mårslet Sogn var det eneste sogn i kommunen. Det samlede areal var på 2421 ha, og indbyggertallet var i 1850 på 817. I 1960 var tallet steget til 1285 indbyggere.

Kommunen blev ledet af et sogneforstanderskab, hvor den lokale sognepræst automatisk var medlem. Resten af medlemmerne, som talte mellem 4 og 9 medlemmer, blev valgt af sognets mandlige beboere over 25 år, og med mindst én tønde hartkorn. Sogneforstanderskabets ansvarsområder var fattig-, skole-, og vejvæsen. Fra 1868 blev sogneforstanderskabet afløst af sognerådet, og man fik nu også ansvaret for den økonomiske forvaltning.

Der var både teglværk og jernbanestation i kommunen, og jernbanens ankomst i 1884 satte skub i udviklingen. Derudover fandtes en række gårde, hvor Vilhelmsborg og Moesgård var de største. Vilhelmsborg hed oprindeligt Skumstrup, men fik navnet, da Vilhelm Marselis, søn af hollænderen Gabriel Marselis, overtog herregårdene efter faderens død.

I 1866 blev Testrup Folkehøjskole oprettet i Mårslet Kommune, men blev fra 1927 drevet som sygeplejehøjskole af Dansk Sygplejeråd i 40 år, hvorefter den igen blev til folkehøjskole.

Mårslet Kommune blev i 1970 lagt ind under Aarhus Kommune.