Med opførelsen 1883/1884 af Frederiks Allés Skole, som placeredes klos op ad skolen i Valdemarsgade, fik byen en Søndre Pigeskole, og byskolen blev herefter som Søndre Drengeskole en skole udelukkende for drenge. Den nye skole lignede på mange måder sin "tvilling", men arkitekt Carl Lange benyttede sig i modsætning til Vilhelm Puck af midtkorridorer. Gymnastiksalen måtte skolerne være fælles om, og opførelsen af en overlærerbolig ud mod Thyrasgade - nu Skt. Nicolaus Gade i 1889 medførte, at begge skoler kunne inddrage de oprindelige overlærerlejligheder i hovedbygningerne og indrette dem til undervisningsformål.

Lagt sammen med Valdemarsgades Skole i 1961 og omdøbt til Brobjergskolen.