Idrætsforeningen AGF ledes af en hovedbestyrelse. Hovedbestyrelsen har det overordnede ansvar for foreningen.

Hovedbestyrelsen vælges direkte for en periode på 2 år på foreningens generalforsamling. Medlemmerne i de enkelte afdelinger vælger selv deres egne udvalg, og hver afdeling har sin egen økonomi.

Medlemmer har altid mulighed for at fremmøde til hovedbestyrelsesmøderne. 2 gange årligt afholdes repræsentantskabsmøde med deltagelse af hovedbestyrelsen samt formand og kasserer for de enkelte afdelinger.

I 2019 er Erik Meineche Smith formand for hovedbestyrelsen.