Det lå ikke i kortene, at lærersønnen fra Nølev ved Odder skulle drive det så vidt. Efter endt studentereksamen ved Katedralskolen begyndte Emanuel Sejr i 1912 at studere dansk og tysk ved Københavns Universitet, men Sejr fandt sig aldrig rigtig tilrette i København.

Tilfældigheder førte ham tilbage til Aarhus. For ikke at ligge sin fars pengepung unødigt til last, søgte og fik Sejr et job på Statsbiblioteket i maj 1913. Væk fra det åndstunge studieliv fandt han en harmonisk hverdag i biblioteksvæsenet. Fra et job på gulvet avancerede Sejr i 1917 til underbibliotekar, i 1931 til bibliotekar for i 1936 i en alder af blot 45 år at blive udnævnt til overbibliotekar for Statsbiblioteket.

Det var absolut ikke rampelyset, som Sejr stræbte efter. Venner og fagfæller måtte overbevise ham om, at han skulle søge chefstillingen. Et job som han nærmest var selvskreven til grundet hans fremragende forhandlingsevner og faglige indsigt.

Forhandlingsevnerne havde han brug for, da han sammen med daværende overbibliotekar Vilhelm Grundtvig fra 1927 til 1938 kæmpede for, at Statsbiblioteket blev Aarhus Universitets bibliotek. At dette lykkedes var noget af en bedrift. Forholdene på Vester Allé 12, som dengang husede Statsbiblioteket, i dag Aarhus Stadsarkiv og Erhvervsarkivet, egnede sig på ingen måde til opgaven. Det bundsolide hus var fyldt til bristepunktet, og funktionen som universitetsbibliotek krævede samlingen udvidet drastisk. Sejr tog efterfølgende fat på at flytte Statsbiblioteket. Universitetsparken var den naturlige placering. I 1944 indsendte Sejr og den kongelige bygningsinspektør C. F. Møller et skitseforslag til en nybygning til myndighederne. Krigssituationen og det senere byggestop hindrede dog længe sagens videre fremme. Først i efteråret 1954 nedsatte Undervisningsministeriet et byggeudvalg, og i 1957 blev et færdigt skitseprojekt til Bogtårnet afleveret til ministeriet.

Med en ny bygning sikkert undervejs mente Sejr, at situationen var egnet til at søge sin afsked. En ny chef, Ib Carlo Magnussen, skulle have frie hænder til at indrette nybygningen og ikke være bundet af sin forgænger. Pensionisten Emanuel Sejr kunne nu vie mere tid til sin anden store passion, de lokalhistoriske studier. Han havde siden 1920erne indsamlet et enormt og imponerede kartotek over store og små begivenheder i Aarhus historie. Ældre årgange af Århus Stiftstidende var den fortrukne kilde, når fortid en skulle studeres og nedfældes på de små kartotekskort med Sejrs småknudrede skrift. Ifølge en anekdote fik Sejr under en hospitalsindlæggelse bragt Århus Stiftstidende til sygesengen, således at han også her kunne fortsætte sine optegnelser. I slutningen af 1970erne blev Sejrs Sedler renskrevet på skrivemaskine for i 2012 at blive digitaliseret af mere end 100 frivillige ved Aarhus Stadsarkiv.