1952 g.m. arkitekten Inger Exner. Johannes Exner tog afgang fra Kunstakademiets arkitektskole i 1954 og arbejdede 1953-56 hos Vilhelm Lauritzen. Sammen med Inger Exner oprettede han egen tegnestue i 1958. De har især opført mange kirker, bl.a. Præstebro Kirke i Herlev (1966-69), Nørrelandskirken i Holstebro (1967-69), Islev Kirke ved København (1968-69), Gug Kirke i Aalborg (1973) og Sædden Kirke ved Esbjerg (1978); disse bygninger er udformet efter det såkaldte circumstante-princip, der efter deres opfattelse bedst egner sig til den luthersk-evangeliske liturgi. Parret skabte også Frederik 9.s begravelsesplads ved Roskilde Domkirke sammen med Vilhelm Wohlert, indviet i 1985. Til mange af kirkerne har Johannes' bror, Bent Exner, og Helga Exner udført kirkesølvet.

Inger og Johannes Exner har virket som højt respekterede restaureringsarkitekter. Blandt fremtrædende arbejder er Rundetaarn og Trinitatis Kirke (1981-83) med den omgivende kirkeplads (1984, s.m. Sven-Ingvar Andersson), hvor et nyt sognehus blev opført i 1983. Deres restaurering af Koldinghus (1972-92) fremstår i sin originalitet, kombineret med hensyn til den stående ruin, som en af sin tids mest bemærkelsesværdige restaureringer, belønnet med Europa Nostra Prisen i 1994.

I løbet af 1990'erne opførte ægteparret fortsat mange kirker efter det foretrukne circumstante-princip. Den håndværksmæssige kvalitet er høj, hvad enten der er bygget i teglsten eller beton, fx Virklund Kirke i Silkeborg og Skæring Kirke i Egå (begge 1994). I 1998 vandt de en konkurrence om fremtidens daginstitution med vuggestuen/børnehaven Stenhøjen i Egå, åbnet i 2001.

Inger og Johannes Exner fik tildelt Eckersbergs Medalje i 1983 og C.F. Hansen Medaljen i 1992. Johannes Exner blev i 1965 lektor ved Arkitektskolen Aarhus, hvor han var professor 1984-92. Exners Tegnestue A/S er fra 1998 videreført af bl.a. datteren Karen Exner (f. 1957).

I 2012 udkom monografien Inger og Johannes Exner, skrevet af Thomas Bo Jensen.