Magdalene Mølle lå på hjørnet af P. P. Ørumsgade og Skanderborgvej.

Magdalene Mølle blev oprettet af Andreas Severin Weis i 1847. Weis ejede i forvejen Aarhus Mølle. Møllen blev opkaldt efter hans datter, Marie Magdalene Weis. Weis solgte møllen i 1896. Ved siden af møllen lå der en rugbrødsfabrik, Magdalene Brød.

Møllen blev revet ned i 1911 og fabrikken flyttede til Kongsvang. I dag ligger Marselisborg Hospital på den tidligere møllegrund.