Sønder Allé er den ældste del af det gamle vejforløb om byen. Vejen var i begyndelsen af 1800-tallet næsten ufremkommelig, men i 1820'erne begyndte foretagsomme borgere at omdanne den til en promenadevej med allé-træer og spadseresti.

I 1813 anlagdes en kirkegård omtrent hvor rutebilstationen nu findes. Da undergrunden imidlertid viste sig for fugtig, blev der lå år senere anlagt en ny udenfor Frederiksport, hvor rådhuset ligger nu.

Vejen bag om byen var ubebygget, indtil accisen bortfaldt i 1851. Derefter begyndte man at bygge tæt i den nordre del, og lidt efter lidt kom der også enkelte huse i Sønder Allé. Gaden havde betydning som forbindelse mellem Fredensgade og Frederiksgade, og med etableringen af Clemensbro i 1884 kom Sønder Allé i direkte forbindelse med byens nye forretningskvarterer.

Den mislykkede kirkegård blev udlagt til haver og senere overtaget af Statsbanerne til rangerterræn. En del af terrænet blev i 1920'erne indrettet til rutebilstation.

I 1978 og 1981 blev der plantet henholdsvis seks og tre lindetræer , Tilia cordata i gaden. Plantningen har bl.a. til formål at sammenbinde gaden på den strækning, hvor husrækken er afbrudt vest for Bispegården samt at markere gadens parkeringsområde.

Se arkitekturtegninger og byggesagskorrespondance på Aarhus Kommunes digitaliserede byggesagsarkiv på https://byggesager.aarhuskommune.dk/