31. maj 1913 blev Marselisborg Hospital indviet. Da det nye hospital skulle fungere som epidemisygehus var placeringen på den store flade Marselisborg Mark, hvor Magdalene Møllen tidligere havde ligget ideel. Det lå et godt stykke uden for byen, og man dermed minimerede smitterisikoen til resten af byen.

Da de første patienter blev indlagt 7. juni 1913, var det en kærkommen udvidelse af det aarhusianske sygehusvæsen. Både Kommunehospitalet og Skt. Josefs Hospital var så overfyldte, at de ofte måtte afvise patienter.

Det varede dog ikke mange år før også Marselisborg Hospital blev overbelagt. Da hospitalet samtidigt lå isoleret i forhold til byens andre hospitaler, blev de forskellige afdelinger med tiden enten lukket eller overført til Skejby Sygehus, og i 1992 ophørte hospitalet med at fungere som selvstændigt hospital med egen ledelse og direktør. Afdelingen for hud- og kønssygdomme eksisterer stadigt i de gamle bygninger, men ellers lukkede Marselisborg Hospital helt i 2001. I dag indeholder bygninger Marselisborgcentret, som er Dansk center for rehabilitering, forskning og udvikling.