Siden vikingetiden har Aarhus og havnen været tæt forbundet. Frem til 1800-tallet lå havnen ved åens nordlige bred ved Immervad, og sidenhen ved åmundingen. I 1800-tallet begyndte man at anlægge moler ud i havet, og skabe egentlige havnebassiner. For at afskærme havnen blev sydmolen drejet mod nord langs kysten, og udgjorde sammen med havnebassinerne dér Nordhavnen. I starten af 1900-tallet blev sydhavnen skabt, og i midten af 1900-tallet blev Nordhavnen udvidet betragteligt. I 1997 blev det besluttet, at Nordhavnen frem mod 2022 skulle udlægges til rekreative arealer, mens de østlige moler skulle udvides som kompensation. Siden tidligt i 1800-tallet har kul og jern udgjort en stor del af indførslen fra udlandet til Aarhus Havn, men fra omkring 1880 udviklede der sig også en stor import af foderstoffer, gødning og korn, i forbindelse med omlægningen af dansk landbrug fra korneksport til eksport af husdyrprodukter. Siden 1900-tallet fik Aarhus Havn en stor eksport af olier og fedtstoffer, og der er fremvokset en betydelig eksport af industrivarer og forarbejdede landbrugsprodukter fra Aarhus Havn til oversøiske lande. Havneudvidelserne har givet plads til store maskiner, kraner og transportmidler, hvorved bemandingsbehovet er reduceret. Den tekniske udvikling har også muliggjort en reduktion af havnens administration fra cirka 240 mand omkring 1960 til det halve antal tre årtier senere. De fleste med arbejde på havnen er ansat i industri-, handels- og servicevirksomheder, som ved år 2000 omfattede omkring 150 firmaer med henved 5.000 medarbejdere.