Domkirkens historie kan føres tilbage til 1200-tallet, hvor den opførtes. Særligt biskop Peder Vognsen, biskop i Aarhus fra 1191 til 1204, tildeles æren for at give projektet høj prioritet.

Den ny kirke overtog status som domkirke for Aarhus, med Sankt Clemens som helgen, symboliseret ved et anker.

Den oprindelige stenkirke blev udbygget op gennem 1200-tallet, så en romansk basilika stod færdig omkring år 1300. Den brændte i 1330, hvorefter en genopbygning i gotisk stil fandt sted frem til ca. år 1500. Selvom der er foretaget restaureringer og ombygninger under årene, er det i dag i grove træk fortsat den gotiske katedral fra år 1500, der består.

Aarhus Domkirke er landets længste og rummer cirka 1200 siddepladser.