Beslutningen om etableringen af kirken uden for byens volde fandt sted i 1190’erne, og den stod færdig omkring år 1300. Siden har den gennemgået adskillige ombygninger, men allerede 1239 var man så langt med byggeriet, at Skt. Nicolai blev skænket til dominikanerordenen.

Den nuværende Aarhus Vor Frue Kirke er beliggende i Vestergade i sydfløjen af det firefløjede klosteranlæg. Klosterbygningen og kirken er arkitektonisk tæt forbundet, ligesom de to institutioners lange historie væver sig ind i hinanden.

I dag fungerer Vor Frue kirke som almindelig sognekirke, og klosterbygningerne er indrettet som ældreboliger.