Initiativtagere til Egebakkeskolen var en gruppe forældre, "der ønskede dansk kultur fremmet i Brabrand-området, hvor der er mange to-sprogede elever i folkeskolen." Muligheden opstod, da Rudolf Steiner-skolen på Holmstrupgårdvej 32 i 1995 måtte give op, og de farvestrålende og i det ydre helt usædvanlige bygninger blev ledige. Med 74 elever fordelt på principielt otte klasser fra 0. til 7. trin åbnede den kristne friskole i august 1995 for en udvikling, som havde til mål i løbet af en årrække at skabe en skole fra børnehave- til 10. klasse med et højeste elevtal på omkring 200. I skoleåret 2001/2002 er der indskrevet 183 børn i skolen. Hvortil kommer, at skolen har egen skolefritidsordning.