Virupskolen, tegnet af arkitekterne Buhl og Klithøj, åbnede i 1963 som centralskole i Hjortshøj-Egå Kommune for børn (og lærere) i de skoledistrikter, skolerne i Hjortshøj, Brandstrup og Skæring hidtil havde betjent. Skolen i Egå blev, indtil Sølystskolen gik i gang i 1964, opretholdt for børnene i den sydlige del af kommunen.

I slutningen af 80´erne udvidedes Virupskolen med et indskolingsafsnit for børnehaveklasserne og 1. og 2. klasserne. I perioden 1988-1992 gennemførtes på skolen et forsøgs- og udviklingsarbejde med Åben Skole. Pengene kom fra det af Folketinget vedtagne 7-punktsprogram og fra Århus Kommunes forsøgsmidler.