Landbrugsministeriet blev oprettet 22. maj 1896 forbindelse med dannelsen af Ministeriet Reedtz-Thott.

Ministeriets område blev udskilt fra Indenrigsministeriet og varetog i begyndelsen administrationen af både Landbrugs- og fiskeriområdet. I 1929 blev Fiskeridirektoratet en del af et nyoprettet Søfarts- og Fiskeriministerium men i 1935 atter overført til Landbrugsministeriet. I forbindelse med dannelsen af Regeringen Hans Hedtoft I i 1947 blev Fiskeriministeriet udskilt som et selvstændigt departement.

Ministeriet blev efter Folketingsvalget i 1994 igen sammenlagt med Fiskeriministeriet som Ministeriet for Landbrug og Fiskeri. I 1996 fik ministeriet bl.a. tilført myndigheden over Levnedsmiddelkontrollen for at skabe en samling af kontrol og administration af alle fødevareområder og ministeriet omdøbt til Fødevareministeriet.