Fårup Kirke blev opført i 1100-tallet som en lille, romansk kirke i rå og kløvet kampesten. Kirken havde oprindeligt flade trælofter, som dog blev erstattet af hvælvinger omkring år 1492, og kirken blev i den forbindelse kalkmalet. I 1500-tallet blev kirkeskibet forlænget mod vest med et hvælvet fag og mure af munkesten, og et kirketårn blev formodentlig opført samtidig. Et våbenhus blev ligeledes opført, sandsynligvis i senmiddelalderen.

Under svenskekrigene blev kirken meget medtaget, og i 1661-62 måtte murene udbedres, da de var ”nedbrudt af krigsfolk”. I 1671-72 solgtes dele af blytaget for at kunne bekoste en større istandsættelse af kirken. Her fornyede man bjælker og tagværk i våbenhuset og nedtog det øverste af tårnet, som var i fare for at styre sammen. I starten af 1700-tallet brugte man sten fra det faldefærdige tårn til reparationer af koret. Tårnet forsøgtes istandsat i 1763, dog uden succes. I 1818 fik kirken igen et komplet blytag efter nogle steder at have haft tegltag, og i 1880 fik kirken et nyt tårn, mens våbenhuset blev revet ned.

I 1666 blev patronatsretten til kirken overdraget af kong Frederik III til Mogens Friis til Favrskov, og ved grevskabet Frijsenborgs oprettelse blev kirken indlemmet deri. I 1809 solgtes kirketienden til sognets beboere, og i 1910 overgik kirken til selveje.

Fårup Kirke hører til Fårup Sogn med bysamfundene, Mundelstrup, Mundelstrup Stationsby, Kvottrup og Fårup, der i alt har cirka 900 indbyggere.