Emmerik Høegh-Guldberg var søn af Julius Høegh-Guldberg og Margrethe Pallene Hahn, som boede med deres familie i Aarhus. Det var oprindeligt meningen, at han skulle få en karriere i militæret ligesom sin far, Julius Høegh-Guldberg, og derfor var han kadet i militæret fra 1819-1826. Herefter tog han til København, hvor han blev optaget på Kunstakademiet i 1828. Han arbejdede hovedsageligt med dyremaleri, men benyttede også radering, hvor man ætser et motiv i en metaloverflade. 1829 kom han igen til Aarhus og blev timelære i skrivning og regning ved Aarhus Katedralskole og fra 1839 ved Realskolen. I 1859 blev han adjunkt ved Katedralskolen og blev ved med at arbejde der indtil 1879. På samme tid med sit arbejde ved Aarhus Katedralskole var han også forstander for Prins Frederik Ferdinands Tegneskole. I 1840 var han med til at grundlægge en kunstudstilling i Aarhus og fungerede som inspektør for Aarhus Museum, som udstillingen udviklede sig til.