F.J.C. Güldencrone studerede ved Sorø Akademi. Arvede i 1789 baroniet Vilhelmsborg efter sin far.

Blev i 1792 kammerherre. Güldencrone led af dårligt helbred, der gjorde at han måtte forlade flere betydelige stillinger utidigt. I 1804 var hans helbredstilstand dog forbedret og han blev udnævnt til stiftamtmand i Aarhus Stift.

7. april 1805 købte Güldencrone Marselisborg Gods og de tilhørende Marselisborgskove af Christian Carl Nikolaj Gersdorff.

Güldencrone forblev stiftamtmand indtil 1820, hvor han forlod statstjenesten. Fire år senere døde han hjemmet på Moesgård.