M.C. Lottrup startede sin karriere i N.H. Becks købmandsforretning i Vestergade. I 1843 døde Beck og Lottrup giftede sig med den 14 år ældre enke, Maren Beck, f. Wissing (02.04.1801-20.10.1872). Herefter overtog han sin forgængers forretning, som han drev videre med stor succes.

I 1856 skilte han sig af med en del af forretningen til sin stedsøn (bl.a. tømrer og kolonialhandelen), og koncentrerede sig derefter udelukkende om ølbryggeri. Han blev således medstifter af bryggeriet Ceres sammen med Knud Reddelien og Niels Schack Aagaard, men overtog det helt efter kort tid. Lottrup blev en velhavende og betydende borger i Aarhus og sad i byens borgerrepræsentation. Året før sin død blev han medlem af repræsentantskabet for Polyhymnia. Malthe Conrad Lottrup døde af tuberkulose i en alder af 55 år, men hans værk blev ført videre gennem hans datters, Ingeborg Christiane Lottrup (1845-1904), ægteskab med Lars Christian Meulengracht (1837-1903).

Øvrige borgerlige tillidsposter: Sundhedskommissionen 1867, Kassekomiteen 1857-67. Markdirektionen 1858-67. Brolægningskommissionen 1858.

Han var også medlem af komiteen for fiskeriets fremme.