Lottrup stod i lære hos sin bror Malthe Conrad Lottrup som var indehaver af Ceres. Herefter fik han arbejde som handelsbetjent hos købmand og brændevinshandler Hans Gjeding. Hans Gjeding holdt til i Mejlgade 52, hvor han både havde forretning og privat beboelse. Lottrup blev i 1855 gik med Hans Gjedings datter, Laura Gjeding, i Aarhus Domkirke.

Ved Hans Gjedings død overtog Lottrup hans forretning og beboelse i Mejlgade hvor familien flyttede ind. Lottrup droppede købmandsforretningen og fokuserede i stedet på brændevinsbrændingen som han førte videre under navnet J. S. Lottrup & Søn. Senere skiftede brænderiet navn til J. S. Lottrups dampbrænderi og spritfabrik.