Hun blev den 10. juli 1847 gift med købmand Niels Malling i hans 3. ægteskab. Niels drev på det tidspunkt en stor købmandshandel i Dynkarken 39-41, ligesom han ejede en række ejendomme.

Niels Mallings tidlige død i 1862 i en alder af 53 år efterlader Mathilde på 43 år i en svær situation alene med deres 5 børn i alderen 3 til 13. Mathilde Malling eller Mallings Enke, som hun konsekvent bliver omtalt af samtiden tager udfordringen op og fortsætter med købmandshandelen, men forsøger sig også med nye initiativer i form af russiske bade, hvad vi i dag vil kalde et wellness center. Samtidig med reducerer hun familiens ejendomsportefølje yderligere.