Ejnar Kirkegaard overtog i 1920 Kirkegaards Skole i Grønnegade 61 efter sin far August Kirkegaard. Kirkegaard drev dygtigt skolen videre, og stigende elevtal gjorde, at han var på udkik efter en ny skolebygning. I 1932 kunne Ejnar slå dørene op for sin nye skole Frederiksbjerg Realskole på Marselisborg Boulevard. Ejnar havde dog forregnet sig og i 1935 måtte skolebygningen på tvangsauktion. Det blev Forældreskolen, som overtog den nye skolebygning. Ejnar Kirkegaard var efter 1935 skribent og redaktør for Forstadsavisen. Under krigen gik Ejnar tidligt ind i modstandsbevægelsen, hvor han var med til at danne de første militære grupper i Viby. 26. maj 1944 blev han sammen med mange andre modstandsfolk arresteret af Gestapo, og deporteret til Tyskland. Her døde han i koncentrationslejren Husum-Schwesing senere samme år efter ophold i Horserød, Frøslev og Neuengamme.