Han startede sin fotojournalistiske karriere om fotograf og layouter på bl.a. græsrodsavisen »Byens Fri Blad« i Aarhus i 1983. Herefter stiftede han Chili foto&arkiv sammen med fotograferne Claus Haagensen og Søren Holm. I 1987 gik han i gang med uddannelsen til pressefotograf på Danmarks Journalisthøjskole og Aarhus Tekniske Skole med praktiktid på Århus Stiftstidende.

Efter endt uddannelse vendte han tilbage til fotokollektivet i Chili, indtil han i 1999 blev fastansat ved Landsbladet, der senere blev til Landbrugets Medier, hvor han arbejdede frem til sin død.

Som LandbrugsMediernes fotograf var Jens Tønnesen en af dansk landbrugs flittigste gæster. Allerede før sin ansættelse på LandbrugsAvisen (dengang Landsbladet) i 1999 havde han som freelance-fotograf dækket erhvervet, og siden blev det til omkring 100.000 forskellige fotos, et enestående billede af erhvervet, der undervejs også resulterede i en fornem fotobog.

Han bestred opgaven som webmaster for PF med stor faglig indsigt og et engagement ud over det sædvanlige. Som fotograf favnede han både det faste foto og video og var derudover levende engageret i udviklingen på internettet.