Borgmester fra 1958-1971. I løbet af sin tid som borgmester arbejdede han for at bevare det gamle bymiljø i midtbyen. Han viste bl.a. en støt stigende modstand mod de omfattede planer om gadegennembrud, som et enigt byråd havde vedtaget i 1954 med Ny Hovedgade-planen. Planen ville have betydet, at store dele af Aarhus' ældste bebyggelser langs Frederiksgade, Immervad, Lille Torv, Badstuegade og Studsgade ville være blevet nedrevet. Men finansieringen af projektet viste sig hurtigt vanskeligt, og i stedet fremlagde Bernhardt Jensen andre forslag, som i stedet kunne sikre plads til byudvikling i byens udkant.

Først og fremmeste arbejdede Jensen igennem 1960'erne for at sammenlægge Aarhus Kommune, der kun omfattede området inden Ringgaden samt Christiansbjerg, med forstadskommunerne. Med kommunalreformen i 1970 blev dette arbejde indfriet. Derudover fik han i årene 1962-64 et fagudvalg til at kortlægge byens kulturarvsværdier, og i 1967 stod han i spidsen for at oprette Foreningen for Bykultur i Aarhus. I 1968 fik han samtidig gennemtrumfet, at Aarhus skulle have et fast udvalg for bygnings- og miljøbevaring, i dag kaldet Aarhus Kulturmiljøråd.

Bernhardt Jensen var også med til at starte Aarhus Festuge, som begyndte i 1965 og afløste det tidligere Rundskue.