I 1852 etablerede Bruun sig i Aarhus, hvor han købte 12 tønder af Marselisborg Gods' land ved det nuværende Frederiksbjerg. Her lod han opføre en filial kaldet 'Ny Bruunshaab' af 'Bruunshaab' ved nuværende Brammersgade. Her vævede man det garn, som på fabrikken i Viborg var blevet kartet, spundet og farvet. På grund af vanskeligheder med at få de to filialer kørende samtidigt blev 'Ny Bruunshaab' lukket og solgt i 1856.

I 1857 købte Bruun Jægergården, hvor han boede indtil sin død i 1884.

Inden sin død nåede Bruun at skænke en del af sin grund til opførelsen af Skt. Pauls Kirke.

I Aarhus er M.P. Bruuns Gade, Bruuns Bro og Bruuns Galleri opkaldt efter Mads Pagh Bruun.