Søn af stiftprovst Philip August Fleischer og Ane Hegelund Edvardsdatter ChristieFleischer dimitterede fra Bergens Skole, hvorefter han tog uddannelse inden for matematik.Fleischer blev ansat som overlærer ved Aarhus Katedralskole 7. november 1806, hvor han blandt andet underviste i matematik. Få år efter blev han kasserer for skolen og sad på posten indtil 1832.