Blot 25 år gammel blev Frederik Lausen i 1892 ansat som leder på Aarhus Oliefabrik. I samarbejde med en af virksomhedens stærke pengemænd, margarineproducent og bestyrelsesmedlem Otto Mønsted, udviklede og forfinede Lausen med uvurderlig hjælp fra virksomhedens tekniske leder kemiingeniøren M. C. Holst produktionen af spiseolier til margarineindustrien. Af ejerkredsen havde Lausens fået besked på at udvide forretningen, og han tog fat på opgaven med imponerende ildhu. Lausen var overbevist om, at virksomheden kun kunne vokse gennem en stigende eksport. På mindre end 10 år havde Lausen udvidet fabrikken i Aarhus, etableret en ny fabrik ved Hamborg, oprettet flere handelsstationer i Vestafrika og Sydøstasien og oprettet et datterselskab i England. Lausen var en berejst mand, og dengang foregik den megen rejseaktivitet med tog eller skib til tider med måneds fraværd til følge.

I 1910 blev fabrikken imidlertid solgt til ejeren af en engelsk margarinekoncern. En omstændighed der dog ikke ændrede på, at Lausen fortsatte som fabrikkens direktør. I 1918 lykkedes det Lausen at samle en dansk aktionærkreds, som herefter købte, og overtog ledelsen med virksomheden – fortsat med Lausen som direktør og nu også som bestyrelsesformand. I begyndelsen af 1920erne kom Aarhus Oliefabrik i økonomiske vanskeligheder. Virksomhedens voldsomme ekspansion og dårlige kontrakter gav kritik af Lausen dispositioner i bestyrelsen. I 1922 fratrådte Lausen sin post som bestyrelsesformand. Lausen slap dog ikke Aarhus Oliefabrik. Han trådte efterfølgende ind i oliefabrikkens bestyrelse, hvor han forblev medlem frem til sin død i 1959.