Juncker blev i 1919 ansat hos Aarhus Oliefabrik. Her var han ansat som direktionschef fra 1919-1926. I 1926 blev han udnævnt til prokurist, og allerede året efter i 1927 blev han direktør i firmaet. Den post besad han indtil 1945, hvor han stoppede på grund af anklager om samarbejde med tyskerne under krigen. I 1949 købte Juncker et aarhusiansk instrumentværksted. Det var en forholdsvis lille virksomhed. Juncker udviklede den dog hurtigt til et større foretagende. Firmaet kendes i dag under navnet Terma, som beskæftiger sig med højteknologisk elektronik. Da han købte firmaet, havde det en håndfuld medarbejdere - ved hans død i 1955 var der 150 ansatte.