Morten Børup levede til sit 27. år et bondeliv, hvorefter han søgte ind til Aarhus. Her fik han trods sin alder lov til at studere på latinskolen - senere kendt som katedralskolen. Lærerne anerkendte hans talent og med støtte fra blandt andre ærkedegn Morten Krabbe, kunne Børup læse videre i først København og siden Køln.

Ved sin hjemkomst til Danmark omkring 1490 blev Børup rektor ved katedralskolen - en position han holdte indtil 1520. Senere blev han også kantor ved domkirken.