Han meldte sig ind i Socialdemokratiet. Han var sognerådsmedlem i V. Tørslev-Svenstrup fra 1962 til 1966, i Mariager byråd 1966-1971, hvor han var borgmester fra 1970-71.

Han blev valgt ind i det nyoprettede Århus Amt i 1970. Her sad han frem til 1971, hvor J. O. Krag gjorde ham til landbrugsminister. Frederiksen havde rødder i landbruget, og han havde tidligere ernæret sig som fjerkræavler. Hans tid som minister blev turbulent specielt omkring optagelsen i EF. Efter Anker Jørgensen-regeringens fald ved jordskredsvalget i 1973 forlod Frederiksen landspolitik.

I 1974 indvalgtes Frederiksen på ny i Århus amtsråd, hvor han indtog en central position. 1981-98 var han amtsborgmester. 1998-2006 var F. igen medlem af Mariager Byråd. 1994-98 var han igen medlem af Socialdemokratiets hovedbestyrelse og forretningsudvalg. Han var desuden en virksom formand for landets største fjerkræslagteri DANPO siden 1974.