Som læge fik han sin hoveduddannelse på Rigshospitalet, hvor han arbejdede som klinisk assistent hos overlæge Knud Faber, og på Bispebjerg Hospital, hvor han fungerede som 1. reservelæge. Som ung læge specialiserede Jacobsen sig i sukkersyge, og i 1917 udkom hans doktordisputats om dette emne. Jacobsens specialisering var senere medvirkende til, at Aarhus Amtssygehus blev et af de første sygehuse uden for København til at indføre behandlinger med insulin. Aage Th. B. Jacobsen udnævntes som den første medicinske overlæge på Aarhus Amtssygehus den 1. marts 1921. Jacobsen var fra begyndelsen af sin karriere optaget af medicinsk forskning og vægtede et hastigt voksende samarbejde med universiteterne højt. I 1924 var han vejleder på J.E. Holsts (1894-1975) disputats om let glukoseri, der var den første disputats, som udgik fra et hospital uden for København. Grundlaget for Jacobsens forskning var et ønske om at manifestere Aarhus som fremtidig universitetsby. Senere udgik fire disputatser fra medicinsk afdeling på Amtssygehuset under Jacobsens vejledning. Jacobsens indflydelse på Amtssygehusets videnskabelige tradition anses for at være uvurderlig. Også i undervisningen brillerede han, og det menes, at hans inspirerende undervisning på de såkaldte ”Århuskurser”, der blev afholdt på sygehuset fra 1911 til 1940 i sommermånederne, var en af anledningerne til sygehusets popularitet, når det kom til valg af turnuspladser. Det fortaltes om Jacobsens undervisning, at han på kursets 14 dage kunne give de studerende viden nok til at bestå deres embedseksamen. I 1939 blev udnævnt som privatdocent og i 1944 blev den første professor ved den kliniske praktikantundervisning på Aarhus Universitet. Udnævnelsen til ordinær professor i intern medicin ved Aarhus Universitet skulle dog vente et par år endnu. Først i 1948 fik Jacobsen sin hæder. Tekst til billedet:" Aarhus Amtssygehus, 1. oktober 1955. Aage Th. B. Jacobsen (i midten til venstre) går på pension samtidig med kollegaen Johannes Fabricius-Møller"