Fredrik Christian Nielsen var kirkehistoriker og biskop i Aarhus i 1905-1907 samt Ridder af Dannebrog, Dannebrogsmand og Kommandør af 2. grad.

Født 30. oktober 1846 i Aalborg, død 24. marts 1907 i Aarhus.

Søn af købmand Lauritz Nielsen (-1861) og hustru Andrea Nielsen f. Wølfferdt (-1893).

Gift 23. april 1874 med Cathrine Marie Magdalene Groth, datter af kaptajnløjtnant ved Flåden Eiler Peter Christopher Munthe Groth (1821-1867) og hustru Margarethe Marie Groth f. Boye.

Nielsen blev student ved latinskolen i Aalborg i 1863 og tog teologisk eksamen på Borchs Kollegium i 1870. Herefter fik han et rejselegat og rejste to år til Tyskland og Schweiz for at studere palæografi, tekstkritik og reformationshistorie.

Fredrik Nielsen blev medredaktør af Dansk Kirketidende og kirkelig medarbejder ved Dagbladet. Han overvejede i en periode at opgive teologien, men blev hjælpepræst ved Vor Frelsers Kirke på Christianshavn i København og endte med at skifte mening.

Med tiden blev han en af de mest vidende inden for sit fag, og i 1877 uddannede han sig til teologi med kirkehistorie som hovedfag. I 1879 erhvervede han sig også en teologisk doktorgrad for sin afhandling med titlen Tertullians Ethik.

Som kirkehistoriker skabte Nielsen et større forfatterskab og skrev bl.a. Oldkirken og Middelalderen, N.F.S. Grundtvigs religiøse Udvikling, Pavedømmet i det 19de Hundredaar og den store Håndbog i Kirkens Historie. Bøgerne var let tilgængelige i sin samtid og havde en del læsere også uden for den teologiske verden. Ud over bøgerne skrev Nielsen også flere artikler om religiøse emner og var endda med til at udgive nogle få salmebøger.

I år 1900 blev Nielsen biskop i Aalborg, og fem år senere blev han det i Aarhus. Her tilhørte han den grundtvigske højrefløj og deltog gerne i den kirkelige debat. Han var imod indre mission og frimureriet, men gik ind for at ændre ritualer for dåb, nadver, brudevielse, kirkeindvielse, præste- og bispeindvielse, ændringer i højmessen og i salmebogen, og han foreslog fraskilte at blive borgerligt viet for at undgå at de fik kirkens velsignelse. Han havde desuden støre ønsker om, at Aarhus i lig med København fik sit eget universitet og et kirkefond.

Fredrik Christian Nielsen døde den 24. marts 1907 efter en operation på Amtssygehuset i Aarhus. Operationen, der blev foretaget på grund af "blærelidelse", forløb som den skulle, men bagefter svigtede hans nyrer. Han overlevede nogle få dage, men døde til sidst grundet sine nyrers tilstand, 60 år gammel.

I 1999 blev Fredrik Nielsens Vej opkaldt efter ham.