Student fra Aarhus katedralskole 1939.

Studerede medicin ved Aarhus og Københavns Universitet, fra hvilket sidste han 1947 blev kandidat med præ.

1948–53 havde han kandidat-, assistent- og reservelægestillinger ved Marselisborg Hospital, Statens seruminstitut og Aarhus Kommunehospitals pædiatriske og medicinske afdelinger, dets patologiske institut samt radiumstationen.

1956 udnævntes Flemming Kissmeyer-Nielsen til leder af Aarhus Universitets blodtypelaboratorium og fra 1957 til overlæge for Aarhus Kommunehospitals blodbank og blodtypelaboratorium.

1971 udnævntes Kissmeyer-Nielsen til professor i klinisk immunologi ved Aarhus Universitet, en stilling han bestred frem til 1989. Han var desuden overlæge ved Skejby Sygehus 1987-89.