Jens Paludan-Müller (7. november 1771 i Sorø – 14. maj 1845) var en dansk biskop.

Han var søn af forvalter over Sorø Akademis gods Caspar Peter Müller (død 1776) og Anna født Paludan (død 1805). Faderen døde, da sønnen var fire år gammel; men morens værge, professor Laurits Laurberg Kongslev, tog sig af drengen og lod ham undervise sammen med sine egne børn. Han flyttede siden med moren til København og blev privat dimitteret 1789. 1793 tog han teologisk embedseksamen, blev lærer ved Waisenhuset og 1799 sognepræst for Thise Sogn i Viborg Stift. 1801 forflyttedes han til Kerteminde og Drigstrup, og 1819 blev han stiftsprovst og sognepræst ved Sankt Knuds Kirke i Odense.

1830 kaldedes han til biskop i Århus, hvilket embede han beklædte til sin død, 14. maj 1845. Han var ingen fremtrædende biskop. Så lidt som muligt blandede han sig i de kirkelige stridigheder. Han var både som præst og videnskabsmand bange for at komme ud i, hvad der var uklart; han ville kunne se målet og vejene, der førte dertil.

Han ægtede 1799 Marie Benedicte Rosenstand-Goiske (1775 – 1820), datter af sognepræst i Gunslev, Jens Rosenstand-Goiske. Imellem deres 9 børn var historikeren Caspar Paludan-Müller og digteren Frederik Paludan-Müller samt provst Jens Paludan-Müller.